驾驶飞船是核心玩法之一，掌握基础操作和进阶技巧能显著提升战斗与探索效率。飞船控制主要通过点击屏幕实现，双击太空任意位置可使舰船朝该方向飞行。若习惯二维平面操作，可点击右侧战术视图切换至圆盘界面，双击圆盘位置实现精准移动。锁定目标后，系统会提供接近、远离、环绕等指令按钮，便于调整战斗距离。
飞船驾驶需注意能量管理，能量不足将导致武器和装置无法使用。战斗中要实时关注护盾、装甲、能量条状态，合理使用护盾生成器和能量回充器。自动战斗功能可简化攻击流程，但手动锁定优先目标更利于战术执行，例如优先击毁敌方干扰跃迁或高输出单位。支援舰长在战斗开始后1分钟入场，其头像周围圆圈显示护盾与装甲状态，危急时可指令其跃迁撤离。
驾照系统是驾驶高级飞船的前提，不同国家、舰型和科技等级的舰船需对应驾照。考核前需研究目标国家的科研项目，从最低级护卫舰开始逐级通过测试。驾照考试侧重战术搭配，建议根据舰船特性选择装备，例如新欧罗巴联邦舰船适合导弹武器，晨曦经合体则适配粒子炮。组件槽数量随驾照等级解锁，需平衡火力与防御配置，同时确保计算力和功率满足装备需求。
三维空间移动是驾驶难点，可通过星图或虫洞入口快速定位目标。在虫洞探险中，累积的减益效果会削弱飞船性能，需提前规划路线。星系安全等级影响遭遇战概率，0-5级区域中，高安全区惩罚机制更严格。若飞船被摧毁，低等级玩家可获补偿，但需及时重新部署并优化防御配置，例如升级护盾或调整武器类型。
驾驶其他国家舰船需跨阵营研究并重考驾照，优先选择有特殊战舰的国家以提升实用性。飞船装配需结合战术组件与超级装置特性，例如天启帝国舰船侧重激光炮，而斯瓦罗斯共和国舰船适合磁轨炮。科研与生产系统可自给自足，通过蓝图制造装备弥补资源缺口。
