迷失岛神庙的密室位于神庙二楼，需通关一周目后重新进入游戏才能触发。密室入口是一扇带有6个三角形孔洞的门，开启条件为集齐6块三角形石头并按正确顺序嵌入。该设计是二周目核心内容，旨在为玩家揭示更深层剧情。
获取三角形石头的流程需结合多场景探索。第一块在初始桥梁处直接拾取；第二块位于工厂章鱼怪附近；第三块在金字塔旁石像石碑处；第四块和第五块分别通过船体左下角及墙面互动获得；第六块需在金字塔密室解谜后取得。每块石头对应灯塔二楼纸条提示的固定位置，需严格按图形顺序摆放。
墙上的章鱼图案眼睛位置是工厂铁盒密码的线索，而通电装置需输入49180375的八位密码。该密码通过分析制作人名单中的图形外刺数量推导得出，通电后与NPC对话可获得4325的四位数密码，用于解锁金字塔密室的最终剧情。
将之前获得的四位数密码输入柱状机关，使海怪雕像开启时空门。该环节需注意眼睛符号的对应关系，成功触发后即可完成真相揭示。整个过程要求玩家对一周目线索有系统化整理，密室作为信息交汇点承担着串联碎片化叙事的功能。神庙密室的设计体现了非线性叙事的典型特征。从三角形石头的跨场景收集，到多阶段密码的递进式破解，每个环节都需调用前期探索积累的认知。
