巴布尔战役以莫卧儿王朝建立者巴布尔为主角，讲述了这位帖木儿后裔从流亡者到开国君主的故事，战役包含五个关卡，整体难度中等偏上。第一关东方之珠开局需要防守一座加强的防御塔，巴布尔的母亲忽格鲁特是战斗力极强的英雄单位，可以放心派往前线应对多方向来袭的敌人。本关采用了昼夜系统，在成功完成初始防守任务后，玩家将获得基地并进入正常发展阶段。
进入发展阶段后，早期敌人骚扰较少，应抓紧时间发育经济，并派单位探索地图收集附近的绵羊。地图最下方的灰色势力塔尔海是一位帖木儿贵族，收集十匹白马赠予他，即可使其转变为盟友协助作战，若误交棕毛马则会触发彩蛋对话。另一项重要支线是给位于八点钟方向的基兰送去一个圣物，他也会加入战斗。在收集资源的过程中，应提前在敌人进攻的必经之路上建造城堡，以木材和黄金的采集为优先，为后续军事行动打下基础。
当准备就绪后，便可以利用地图两点钟方向夺取的投石机发起进攻。进攻的核心策略是集中火力摧毁红色的城堡，每摧毁一座，大片的红色营地就会转归玩家所有。进攻时建议以骑射手和怯薛为主力，骑射手专注攻击敌方的大叉子部队，怯薛则负责拆除冲车等攻城武器，并注意利用英雄忽格鲁特吸引敌方火力。在拆掉红色方的三座城堡后，真正的挑战乌兹别克人（青色）才会显现，他们会发动规模极大、爆兵速度极快的猛攻。此时需要将集结点设置好，大量生产重装骑射手和怯薛或精锐骆驼兵，组成混合部队向前稳步推进。
后续关卡各有特点，第二关最后的帖木儿需要先前往蓝色盟友基地获取发展空间，并重点采集石料建造防御城堡。最具挑战性的第四关帕尼帕特之战前期要快速完成削弱敌人补给线的任务，中期则要顶住敌人潮水般的进攻，帝王骆驼和重装骑射是此关的主力兵种。整个战役需要玩家合理运用印度斯坦文明的特色兵种和战术，体验巴布尔从落魄贵族到开国皇帝的奋斗历程。
