渡口是游戏流程中经常出现的重要地点，玩家可以通过渡口乘船前往多个关键区域推进剧情。在游戏前期打完袁术后返回徐州会触发与曹操的战斗，之后需要前往东北方向的村子与郑玄对话，然后进入南面山洞取得地图，再和郑玄对话得到信件，接着穿过东南山洞就能到达一个渡口，从这里乘船可以前往冀州继续故事发展。
进入游戏中期赤壁之战剧情结束后玩家需要利用渡口前往日本岛完成特定任务。在赤壁之战中玩家需要借东风并登上圣山打败大蛇后与日巫女对话得到秘法书，然后返回日本岛的渡口乘船回到中国。这个渡口通常与海边或河流相连，留意剧情对话中关于船只的线索。
游戏进展到西蜀章节时玩家在益州地区会再次遇到渡口。打完刘璋后进入涪水城与刘璋对话，然后前往西南方向的渡口与法正对话让他加入队伍，之后从这里乘船可以继续后续冒险。在某些特定渡口玩家可能会遇到船只不出现的状况这种情况通常与剧情进度有关。比如在长安章节如果渡口没有船可以返回旅馆睡一觉再前去宫殿与诸葛亮对话如果诸葛亮出现船就会随之出现。这种设计是为了确保玩家按照正确的顺序推进游戏剧情。
渡口的使用往往需要与其他游戏机制配合，例如在荆州城完成特定任务后，需要先获取西蜀地图才能前往相应渡口。有些渡口还关联着隐藏物品的获取需要仔细探索周边环境。游戏中还存在其他次要渡口分布在不同的沿海或沿河区域这些地点虽然不影响主线通关但对探索和收集很有帮助。
